Hantken Miksa 1821. szeptember 26-án született Jablunkán, Osztrák-Sziléziában. Egyetemi tanulmányait 1840-42-ben Bécsben végezte, majd beiratkozott a selmecbányai Bányászati Akadémiára. 1846-ban szerzett bányamérnöki oklevelet. Ezt követően két évig ismét Bécsben tanult, ahol az egyetemen elemző földtant hallgatott.
1852-ben Dorogon, a kőszénbányáknál vállalt bányamérnöki állást. Itt felismerte, hogy a kőszénkutatás akkoriban alkalmazott módszerei - melyek nem az egymásra következő kőzetrétegek sorozata és a terület földtani felépítése alapos ismeretére alapultak - eredményeiket tekintve nagyon bizonytalanok, a rájuk fordított jelentős pénzösszegek pedig gyakran teljesen haszontalanul mennek veszendőbe. A kőszénkutatás tudományos alapokra helyezése szakmai tevékenységének egyik fő célja lett. A Dorogi-medence kőszéntelepeket tartalmazó eocén korú rétegsorainak tagolása és a telepek azonosítása céljából őslénytani vizsgálatokba, közelebbről az egysejtűek közé tartozó foraminiferák tanulmányozásába kezdett, melyek maradványai nagy mennyiségben és változatosságban fordulnak elő a meddő kőzetekben.
Hantken az ipari célú kutatások során szerzett ismereteiből kiindulva a mikropaleontológia tudományának kiemelkedő alakja lett. Világviszonylatban is úttörő jellegű vizsgálatairól először 1863- ban, a Magyar Orvosok és Természetvizsgálók pesti vándorgyűlésén tartott előadásban számolt be. A foraminiferák területén kifejtett munkásságának főbb eredményei közé tartozik azok rétegtani szerepének, valamint az agglutinált (idegen szemcsékből összeragasztott) vázú formák pórusainak a megfigyelése. Az utóbbi fontos észlelésre 1871-ben Münchenben, a híres foraminifera-kutató Schwager mellett dolgozva nyílt lehetősége. Felismerte az eocén rétegekre különösen jellemző nagytermetű foraminiferák, a Nummulitesek (="Szent László pénze") egymást követő nemzedékeinek kétalakúságát. A különböző rétegtani szintekből származó Nummulites-fajok megcsiszolt és meghatározott példányaiból összeállított gyűjteményeivel díjat nyert az 1873-as bécsi világkiállításon, és osztatlan sikert aratott az 1881-es bolognai geológiai világkongresszuson. Munkásságáért 1864-ben a Magyar Tudományos Akadémia tagjává választották.
A bányamérnökként eltöltött évek után Hantken 1861-től a budapesti Kereskedelmi Akadémián természetrajzot tanított, majd 1866-tól kutatóként a Magyar Nemzeti Múzeum Növény- és Ásványtárában dolgozott. Ezt követően bízták meg a Földmívelés- és Kereskedelemügyi Minisztériumban fölállított Földtani Osztály vezetésével. Ez utóbbi intézmény volt az 1869-ben megalapított Magyar Királyi Földtani Intézet elődje, amelynek első igazgatójává Hantken Miksát nevezték ki. E munkakör betöltése mellett írta meg az eocén és oligocén korú foraminiferákról szóló, 1875-ben megjelent nagyszabású művét. A témában máig is alapvető dolgozata 213 faj leírását tartalmazza, melyek közül 93 a tudomány számára újnak bizonyult. Szintén intézeti igazgatóskodása alatt látott napvilágot két másik fontos munkája, a dorogi barnakőszén-előfordulásokat leíró monográfia (1871), valamint a Magyarország széntelepeit és szénbányászatát áttekintő könyv (1878). Ugyanezen évben a párizsi geológiai világkongresszuson a földtani térképek egységesítésével foglalkozó bizottság tagja lett.
1882-ben Hantkent a budapesti Tudományegyetemen akkor megalapított Őslénytani Tanszék első professzorává nevezték ki. Tanszékvezetőként létrehozta az azóta is gyarapodó őslénytani gyűjteményt és könyvtárat. Oktatói munkássága mellett sokirányú kutatásokat is folytatott. Nevéhez fűződik a Floridában talált első amerikai Nummulitesek leírása (1886), valamint a mészkövek úttörőnek számító mikroszkópi vizsgálata. Ez utóbbi tudományág, a napjainkban világszerte rutinszerűnek számító mikrofácies-elemzés területén végzett munkásságáról azonban sajnos nem számolt be publikáció formájában. Érdemeinek elismeréseként 1888-ban - az akkor nyolcszáz éves - Bolognai Egyetem díszdoktorává avatta.
1893. június 26-án, a zágrábi földrengéssel kapcsolatos horvátországi kutatásai során szerzett betegsége következtében Budapesten halt meg. Emlékét örökbecsű munkáin kívül számos róla elnevezett ősállatfaj és -nemzetség őrzi.
Hantken Miksa életéről és munkásságáról megjelent publikációk: itt
A legújabb életrajzi, bibliográfiai és tudománytörténeti adatok Hantkenről:
Görög, Á., Szinger, B. & Szentesi, Z. (2022): Hantken Miksa hagyatéka itt
Görög, Á., Szente, I. & Szentesi, Z. (2022): A köztünk élő Hantken itt